در نامه علی مطهری خطاب به فرمانده سابق سپاه آمده است:

سردار عزیز جعفری

فرمانده محترم سابق سپاه پاسداران

با اهدای سلام، در اظهارنظر خود در سیمای جمهوری اسلامی فرموده‌اید (نقل به مضمون) شورای نگهبان باید برای تایید صلاحیت افراد روی مبانی فکری آنها تمرکز کند که آیا منطبق با مبانی فکری رهبری هست یا نه.

اولاً ورود نظامی‌ها به عالم ت ممنوع است، هم عقلاً و هم مطابق توصیه‌های مکرر امام خمینی(ره).

ثانیاً این نظر شما با نظر مقام رهبری نیز مغایر است زیرا ایشان تاکنون چند بار گفته‌اند ممکن است کسی در موضوعی نظرش مخالف نظر من باشد، باید بتواند حرفش را بزند. یا در دیدار دانشجویان فرمودند چه کسی گفته از من انتقاد نکنید، از من انتقاد کنید.

ثالثاً این نظر جنابعالی با سیره رسول اکرم و ائمه اطهار خصوصا علی (ع) در دوره زمامداری‌شان منافات دارد. حضرت امیر می‌فرمود: از من در آشکار و پنهان انتقاد کنید، و در برخورد با بزرگترین دشمن خود (خوارج) تا زمانی که آنها دست به سلاح نبردند آزادی بیان آنها را محدود نکرد.

مجلس مظهر و نمونه کوچکی از ملت است و باید همه دیدگاه‌ها در آن حضور داشته باشند. سرایت دادن نوع رابطه نظامیان با ولی فقیه به عنوان فرمانده کل قوا به مجلس و نمایندگان، یک خطای بزرگ است. اینکه مبانی فکری دو نفر در همه حوزه‌ها عین هم باشد، کمتر رخ می‌دهد. رهبر انقلاب همچنین انتظاری ندارند. پس کاسه داغ‌تر از آش نشویم.

از نظر مبانی فکری همین که کسی قانون اساسی را قبول داشته باشد کافی است برای اینکه بتواند وارد مجلس شود و نیازی به تفتیش عقاید قرون وسطی در اروپا که عکس‌العمل آن تمدن پراشکال غرب بود، نیست. حفظ نظام از راه احترام به آزادی‌ها بهتر انجام می‌شود.

در پایان به شما توصیه می‌کنم کتاب آینده انقلاب اسلامی ایران شهید آیت‌الله مطهری را که برای شما ارسال می‌کنم مطالعه فرمایید.

با تقدیم احترام علی مطهری»